Короче, у меня тоже так было — сидишь, ничего не запускаешь, а обновы сами вдруг пошли. Автообновления обычно от systemd-таймеров идут, типа apt-daily.timer и apt-daily-upgrade.timer. Можно посмотреть их командой systemctl list-timers и найти именно эти. Чтобы отключить, нужно делать что-то вроде systemctl disable --now apt-daily.timer и apt-daily-upgrade.timer, тогда они не будут стартовать сами. Просто отключать юниты обновлений не стоит, иначе может что-то слететь, но ручной запуск apt update && apt upgrade по-прежнему будет работать. Если APT уже на ручной, значит именно systemd-таймеры и гоняют обновы. Глянь ещё /etc/apt/apt.conf.d, там есть настройки автозапуска обнов, можно их тоже поправить. В общем, копай в сторону systemd-таймеров и конфигов apt. Так контролировать будешь полностью, а обновы в нужный момент запускай вручную.