Сколько раз натыкался на похожие грабли: неправильно выставленные права на файлы, забытые зависимости при сборке из исходников и банальные опечатки в конфиге. В Linux чаще всего проблема с отсутствием нужных пакетов или конфликтами версий, а на BSD — с портами и более строгой структурой каталогов. Мне кажется, что у Linux побольше свободы, но и больше подводных камней для новичков, тогда как BSD требует порядка и конкретики, и ошибки там быстро проявляются.
Чтобы избежать проблем, я сначала всегда проверяю логи (journalctl, dmesg на Linux; /var/log/ на BSD), плюс внимательно смотрю на права и владельцев, особенно если что-то не запускается. Процесс установки сервисов тоже отличается — systemd в Linux несколько упрощает жизнь, но иногда сбивает с толку из-за своей "магии", тогда как в BSD service-скрипты проще для понимания.
Интересно, как вы с этим разбираетесь? Какие ошибки чаще всего выбивают вас из колеи, и что помогает быстро их находить?