загрузчик свой видимо записать не может.

Насчет загрузчика хз, grub она успешно снесла ..

// после первой неудачной попытки поставить винду редактор разделов не видит разделов ..

попробовать \ acronis disk editor \ консоль восстановления windows - fixmbr, fixboot \

Есть мнение, что при установке на один физический HDD связки WinNT (2k/XP/2003 - нужное подчеркнуть) плюс *nix, МелкоМягкая ось должна стоять исключительно в первом логическом разделе (то есть в "Logic-Primaty-Active")...
У меня возникала такая проблема при установке WinXPSP2 + Mandrake v9.0... При установке Винды вышеуказанным способом проблема решилась...

кстати сам факт описанного в теме интересен был...вроде средства для разбивки разделов в линуксе ( в частности убунта ) посильнее чем в винде при попытке установки на винт с виндой убунты я столкнулся с тем, что даже потом сохраненный раздел диска с акронисом в тупую не хотел становится на место) или груб лоадер давал о себе знать, т.д.
переразбиваниями и слияниями партиций у меня каким-то образом получилось убить винчестер 500 гб самсунг))
потому понял что поставлю себе "не-виндовс" когда буду с новым винчестером)

на сайте Microsoft пишут метод, но хз действует ли ссылка

Значит пингвины готовятся к суицыду ..

тебе нужно воспользоваться, прогой acronis loader, с помощью которой ты можень перенастраивать свой винт как угодно!!! у самого такие проблемы были!)

тут следиет востановить с загрузочной дискеты sys
далее винда ляжет
раньше я так решал проблемы с 98й осью

попробуй другую винду в комп вколотить, или эту в другой комп... там может вся трабл в самом диске винды...