Любой файл.
Вернее, тот, который нельзя удалить, так как он запущен.

Процесс и убивает, либо, если процесс нельзя остановить, создается т.н. бутлист в который до загрузки операционки прописывается сканирование запускаемых процессов - в этом случае чистиццо из под доса после перезагрузки.

Есть такая сорфтинка как Unlocker (http://ccollomb.free.fr/unlocker/), с её помощью можно удалить файл перед загрузкой ОС.

Удаление или переименование файла можно прописать в реестре:

Раздел: HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager
Имя параметра: PendingFileRenameOperations
Тип параметра: REG_MULTI_SZ (Мультистроковый параметр)
Значения параметра:
В первой строке записывается путь к исходному файлу. В начале строки ставится \??\
Например: \??\С:\Temp\File.exe
Во второй строке записывается путь к новому файлу. В начале строки ставится !\??\
Например: !\??\С:\Temp\Trash.txt
Пример предполагает, что при загрузке File.exe превратится в Trash.txt.

Если вторая строка пуста (не отсутствует, а именно пуста), то файл будет удалён.