"Не кодированая версия работает нормально, но её обнаруживают быстро это палево" - любое "кодирование" означает использование декорирующих функций типа gzinflate, которые бывают запрещены на некоторых серверах. Поэтому шелл и не работает. Внимательно изучи как кодируется шелл твоим кодировщиком, скорее всего "закодированный" код использует фукции, запрещенные на сервере. То же самое касается например вызова pcre_replace с /e модификатором в php 7.
И прочитай уже phpinfo на сервере, обрати внимание на disabled_functions
Да, посмотрел, всё верно. Это единственный сайт на php 7, остальные на php 5.6. К кому можно обратиться чтобы перекодировали файл (на платной основе, конечно), чтобы работал на php 7?