все процессы запускаются одновременно и им может просто не хватить на всех ресурсов в этом случае перед командой крона вставьте небольшую задержку, например
*/2 * * * * sleep 49; cd /home/acc/domain.com/cgi-bin/fet/secured && /usr/local/bin/php -q /home/acc/domain.com/cgi-bin/fet/secured/mastercron.php
все процессы запускаются одновременно и им может просто не хватить на всех ресурсов в этом случае перед командой крона вставьте небольшую задержку, например
*/2 * * * * sleep 49; cd /home/acc/domain.com/cgi-bin/fet/secured && /usr/local/bin/php -q /home/acc/domain.com/cgi-bin/fet/secured/mastercron.php