если GUI и windwos:
File-New project
там на первой вкладке(source) выбираешь из какой папки брать файлы(в поле project source code) чоб кодировать, переходишь на вторую вкладку(target) в поле location of project target folder выбираешь куда сохранить кодированный файл. Потом ОК. Потом нажимаешь F5 и программа закодирует файл