Проскакивали разные косяки при работе с базой через PHP, так что решил поделиться, что чаще подводит. Первое — забыл включить проверку ошибок или не отловил их через PDOException, в итоге ошибки просто молчали и фиг поймёшь, где баг. Второе — sql-инъекции, хотя и знают об этом все, но все равно бывает, что экранировка или подготовленные запросы забываются. Третье — неправильное кодирование, особенно если таблицы и скрипты работают с utf-8, а настройка не совпадает — вместо нормального текста кракозябры. И ещё момент — забыл закрыть соединение, хоть в современном PHP это не так критично, но иногда нагрузка из-за этого растёт.

Проверять стоит сразу после запроса, что вернулось из базы, и вывоить ошибки, если что. По подготовленным запросам всегда bindParam или bindValue используйте, не подставляйте переменные в строку напрямую. И надо помнить, что handle ошибок важнее, чем кажется, чтобы понять проблемы на ранней стадии. Кто что ещё примечательного ловил в связке PHP+MySQL?