Проверьте свои урлы и эти правила в этом сервисе , от главной до пару внутренних страниц. С виду все нормально, но проблема может быть не в htaccess а например в файле robots.txt или мета тегах robots на страницах.

Да и по этой теме лучше задать вопрос на серче. Все сеошники и сеоассенизаторы там