Для быстрых проверок сейчас держу под рукой Nikto и WPScan — простые, наглядные, базовые вещи отрабатывают нормально. ZAP иногда запускаю, когда надо чуть глубже копнуть, но он не всегда быстро. Главное, не выносить себе мозг сложными настройками, а сделать пару прогонов и смотреть на явные косяки. Про автоматизацию пока много не заморачиваюсь, проще руками фильтровать, чем потом тонны мусорного лога чистить.