Точно, первые дни в Linux/FreeBSD могут реально запутать. Я бы советовал просто взять и начать копаться в терминале — даже базовые команды типа ls и cd уже дают ощущение контроля. Главное, не бояться что-то менять в конфигурациях, но всегда делать бэкапы. Пакетник пощупать — самый быстрый путь поставить полезные вещи и не сломать систему сразу. Главное — не тормозить и практиковаться каждый день понемногу.