Лучше всего хранить ключи в переменных окружения и держать файлы с ними вне репозиториев. Если ключ случайно попал в публичный доступ — сразу меняй, иначе счёт может прийти большой. Ну и проверять расход периодически не помешает, чтобы вовремя заметить странные запросы.