Вполне может быть, что новые темы просто «теряются» из-за отсутствия нормальных ссылок на них — Яндекс не любит, когда всё в JS прячется. И еще момент: если сервер медленно отвечает или бывают ошибки, это тоже сильно тормозит индексирование. Надо проверить эти вещи в первую очередь.