Тему стоит закрыть, дабы не "асфальтировать кепку". Она превратилась в место для набора постов.
Вопрос решён ещё в пятом посте.

У ТС модель винчестера Seagate ST500LT012-1DG14, которая издаёт "тикающие звуки при работе",
это нормально и является признаком исправно работающего винчестера из этой серии.
Подкручиванием параметров HDD с целью уменьшить акустический шум, у данной серии, этот вопрос не решается.
Могут быть отличия под Windows и Linux, из-за разного времени перехода в режим самотестирования при простое.