1.Как добавить новый независимый домен ?
Прописать его в конфигах Bind, Apache, MTA

2.Как добавить под домен к уже существующему домену ?
Тоже, что и в первом пункте, кроме MTA

3.Как создать пользователя mql ?
4.Как создать базу mql и потом подключить к ней пользователя ?
MySQL? Почитайте основы бд MySQL Любая книга...

5.Как создать пользователя ftp для разных доменов ?
При добавлении нового пользователя в систему ему автоматически создается аккаунт на домашнюю папку. Остается только привязать home directory к нужной папке...

Имею права root пользователя , на панель не хватает оперативки
Поставьте себе ISPConfig или Webmin+Usermin+Virtualmin

Вообщем подскажите как все это сделать при помощи ssh протактиний
Начать с изучения книги Д Колесниченко "Linux сервер своими руками" и азов Линукса...