Давно использую и защиту NTFS и защиту папкой autorun.inf (r,a,h,s). Думаю многие догадались о таких способах одновременно и без статей .
Однако такая защита распространена все более и более широко, и ясно, что вскоре вредоносное ПО будет иметь возможности её обхода.
Из этих двух вариантов защита NTFS более эффективна, хотя имеются некоторые недостатки ввиду самого использования NTFS на флешке: средняя скорость записи на флешку может снизиться на 40-60%; при горячем отключении флешки будет часта "ошибка отложенной записи"; отсутствие поддержки NTFS на многих платформах.
От меня есть дополнительное предложение по защите в случае использования папки autorun.inf - создание внутри нее папки con. Папку с подобным именем нужно удалять и создавать внутри папки autorun.inf немного особым образом.