не эмулируй так нажатия через sendmessagea, эмулируй их через windowproc. т.к. у тебя external программа придётся внедрять твой код через code cave remote thread.
Многое решается я смотрю через windowproc, надо ковырять о ней.
Видел функцию на просторах интернета о низкоуровневом эмуляции нажатия клавиш с возможностью отправки в не активное окно и она работала но была успешно потеряна). По итогу отпишу.