Если скрипт ничего клиенту не отдает, то, имхо, сосединение может оборватся по keep-alive таймауту

ну из этого нужно сделать вывод что нужно set_time_limit + ignore_user_abort + увеличение памяти)))
если не получится то как я уже сказал вести лог программы, можно даже в окно брацзера только после каждого echo ставь flush()

Если скрипт ничего не отдаёт, то и про обрыв соединения он не узнает.

если её включить - скрипт вообще нельзя будет остановить

вся его работа логируется на экран.
потому и пишу что он в разные моменты останавливается.
а на денвере 100% работает.

я сам пишу "нормальные чекеры"
далеко не всегда допустимо включать ignore_user_abort

он выводит лог на экран
а если не выводит - то включен как раз ignore_user_abort

@ob_end_flush();
@ob_flush();
@flush();
@ob_start();

В общем пришёл к выводу что надо попробовать увеличить память

ТС, не используй PHP для брутеров, ботов и т.п... Лучше используй Perl (это на счет некомпилируемых) или C++ (компилируемый). У меня была та же проблема, и я решил забить на написание тому подобных скриптов на PHP.

используй проверку чтот типа есть файл с названием stop то die(); тогда скрипт можно остановить))

Скрипт можно остановить также просто перезаписав на его место новый скрипт с тем же именем и запустить:

для этого надо их как минимум знать