Дык, замени

fwrite($handle, $somecontent)

на

fwrite($handle, $somecontent . "\r\n")

ЗЫЖ И код в одну строчку, как думаешь, легко читать?

<?php
for ( $j = 0; $j < 50; $j++){
for ( $i = 0; $i < 50; $i++){
$map[$i][$j] = rand(1, 5);
}
}
$filename = 'map.txt';
$somecontent = serialize ($map);
if (is_writable($filename)) {
if ( !$handle = fopen($filename, 'w')) { echo "Не могу открыть файл ($filename)"; exit; }
if ( fwrite($handle, $somecontent )) === FALSE) { echo "Не могу произвести запись в файл ($filename)"; exit; }
echo $somecontent;
fclose($handle);
} else { echo "Файл $filename недоступен для записи";
}
?>

Если нужно сохранять массив в файл, чтобы потом можно было обращаться к нему - то существуют функции serialize - преобразовать массив в строку. Unserialize - разобрать строку после предыдущей функции в массив. Ключи сохранятся