Я так понимаю, что дело не в скрипте. Т. к. отправляя html ссылку <a href="http://test.ru">link</a> приходит либо просто слово link без какой либо ссылки, либо же слово link но ссылкой badurl:\"http://test.ru\" Как это можно исправить?

посмотри как это ачат делает ведь есть же функция, чтобы тут
в коде функция onclick="return openEx('http://yandex.ru');">тут</span></div>
я не уверен что это то самое