Просто проблема в том, что как я понял, mkv это контейнер в котором лежит отдельно видео, аудио и сабы, проблема заключается, в том, чтобы вытащить оттуда один поток видео, один поток аудио(с русским языком) а сабы не вытаскивать, а потом все это склеить в один файл. Попробую седня все конверторы из этой темы, может что подойдет.