мдя... я видимо не сильно правильно объяснил ситуацию...

Короче вот:

Я купил место на хостинге supermegahosting.ru на 25 гб, и зарегал домен supermegadomain.com, залил туда двжок Super-Mega CMS 6.95.6 beta750. Вот и для себя же залил шелл в папку her_kogda_dogadaeshsya_cto/eto_shell.php на все файлы и дериктории выставил права 777, но шелл не может удалять дирииктории и менять файлы типа .htacces

Значит так настроена политика безопасности на этом хостинге.

2__mad глупости запускать и вообще работать с httpd от НЕрута, потому что тогда любой пользователь, обратившийся через веб, к своему зарание подготовленному скрипту, получит возможность менять как логи, так и вырубать все соединения, так и гасить главный демон

>>просто если сайт чужой например заливаешь шелл не всегда есть возможность удалить все файлы с сервера
как странно. может быть, даже стандартные настройки апача запускают его от отдельного непривилигированного пользователя?) почитай про права доступа фс unix и ты сможешь ответить на этот вопрос сам.