Таскбар можно скрыть, но убрать нельзя. Иначе необходимо полностью снести Explorer со всеми причитающимися.

Право, зачем такие извращения? Можно просто убить процесс (и заблокировать его запуск антивирусом, например, если сопротивляется). Единственная проблема в данном случае - с треем можно попрощаться. Я ещё не видел ни одной альтернативной реализации tray-сервера под Windows, все паразитируют на Explorer, парся содержимое трея из него. Так что в фоне пускай висит, благо, он не прожорлив.
RocketDock сам по себе трей показывать не умеет. Я долго искал доклеты, нашёл лишь нечто кривоватое. Из альтернатив: ObjectDock (поддержка трея только в платной версии, в Free - опять-таки, только доклеты (они у RocketDock и ObjectDock совместимы, но работают не всегда одинаково хорошо в обоих)); Nexus Dock (хорошо реализовано, но уж больно ресурсы он жрёт, у меня 11% процессорного времени в простое отъедал); ObjectBar (лучшая реализация, но программа старая, неподдерживаемая, платная и нередко вызывает конфликты).