Вот эту прогу a-squared Free можно ставить вместе с доктор веб?

Нельзя. В твоем случае, проще всего переустановить систему, установить не антивирус, а комплексную защиту вроде Eset Smart, и никогда не запускать исполняемые файлы неизвестного содержимого.

То есть если я сейчас поскидываю все програмки что мне нужны на диски отфарматирую виндчестер от всего что на нем осталось поставлю виндувс закину опять те фаилы с программами то могу быть спокоен?

зачем всю систему сносить?
в винде есть средство удаления вредноносных программ, винда должна его опознать и удалить т.к. Microsoft 1.4903 2009.08.18 VirTool:Win32/Obfuscator.FL.
если не нашла поставь аваст(он бесплатный) Avast 4.8.1335.0 2009.08.17 Win32:MalOb-H в нем есть функция сканировать систему во время загрузки.
формат С это уже крайняя мера.

так же в интернет полно программ для очистки компа и реестра от мусора (СС клинер) и куча прог для мониронига портов и подключений.