Даёшь проверку в непалящихся дирах пхп/пл/асп скриптов)),если *нету* шелла ).А так пропарсить скрипты на passthru,всякие там exec и system)Всё равно редко попадаются
хз, у меня на кроне каждые 12 часов запускаеца скрипт который собирает даты последнего изменения, вес,имя и колво файлов,сверяеться с прошлой версией,если чтото нетак - бот стучит в асику.+ все данные пишуться в мускул.хостер мне запретил запускать скрипт каждый час,сволоч, поэтому только через половину суток у меня идет чек.
Советую поставить чтоо похожее, видел викидывали давно еще в разделе чтото вроде такого.