Ну какбы файловой системе вообще пофиг на настройки апачей и прочей лабуды...
Переименование папки по сути то-же самое создание новой жесткой и удаление старой, в данном же случае мы просто неудаляем старую ссылку.

В файловой системе любой файл, каталог или подкаталог это всеголиш ссылка на участок харда и ничего более, взгляните на это под таким углом и подобные вопросы у вас не возникнут.