Тогда еще два вопроса:
1. Почему ссылки с ГС не работают?
2. Что делать если в ЯК и ДМОЗ берут ГС? В фильтрах можно например указать и закупку ссылок сугубо на сайтах из данных каталогов + кое-какие приятные дополнительные фильтры. Чем этот вариант плох?
Ну и вообще бОльшая часть сайтов в биржах - ГС/УГС и практически всегда в лучшем случае это будет полуГС, косящий под СДЛ. В связи с чем исключительно ручная закупка ссылок через биржы и лишь на одних белых и пушистых сайтах мне видится плохо масштабируемым решением .

Индексируемость конечно проверять не руками, но лично я знаю всего один внешний веб-сервис для сапы, который чекает ссылки/доноры в авторежиме "аля сеопульт". Сервис платный .
А проверять индексируемость ссылок к примеру Язлом - на мой взгляд это и есть вручную. Если сайтов много - времени уходит тьма. Хотя замечу что из софта в основном использую только Язл и Пейдж Промотер, поэтому особо не в курсе как с инструментами для подобных целей у других продуктов. Но ни Язл, ни даже Промотер время ожидаемо не экономят.
P.S. Я не фанат сеопульта и о других инструментах приобретения ссылок забывать не перестаю. Например дорогие ссылки практически всегда закупаю лишь вручную через сапу, ну и порой что-то с ув4-5 в сетлинкс. Но все равно это лишь скромный процент от всей работы и если бы нужно было закупать вообще все ссылки через биржи - это было бы грустно. К хорошему быстро привыкают.
P.P.S. Пис .