с помощью этих команд можно сделать что угодно, например загрузить скрипт, узнающий список дир, сохраняющий это дело в файл и скачать такой файлик обратно к себе
скрипт, закачанный в корень, можно запустить с помощью ftp_site
Ну давай поподробнее, как с помощью команд ФТП сервера передаваемых ftp_site ты собираешься выполнить PHP-код???