nginx можешь конфигурировать как тебе нравится, будет показывать только то что указано

А вообще по конфигу, в .env вынести основные настройки бд и прочего что необходимо для функционирования сайта, при инсталле cms их заполнять, остальной конфиг пользовательский хранить в бд, при первой загрузки дергать в синглтон и юзать его