Да нет, kali linux встаёт без проблем, я ставлю на отдельный hdd, проблема в установке именно скомпилированной прошивки на proxmark3.
Ладно, сейчас появилось немного времени, очередной раз попробую всё заново поставить, под чистую...

Проблема решилась.
Всё оказалось как всегда в невнимательности и недопонимании некоторых вещей, оказалось, что по какой то причине, во время установки kali linux, я не соглашался на настройку менеджера пакетов, вероятно думая, что это потом настроится, при очередной установке системы поставил галочку на "да", и прошивка на proxmark3 установилась без проблем. Странно, что все остальные пакеты устанавливались нормально, и при обновлении системы с 2019 на 2020 они тоже не установились, ну да ладно...