Если система находится онлайн - сканировать можно. Это будет диалог сканера с системой (как общение двух людей). И не важно, сколько раз будет ip на глаза попадаться. Я рекоменду начать с себя - просканировать свою систему с разными параметрами, понять принцип работы. Если консоль не удобно, пробовать можно zenmap.