Если быстро и просто — Linux выигрывает за счёт готовых пакетов и большого комьюнити, с этим меньше морок. FreeBSD любит время и желание копаться в системе, зато дает больше контроля и стабильности. systemd — мощный, но иногда слишком навороченный, а rc.d — простой и понятный, но функционал убористей. Выбирать стоит по задачам и по времени, которое готов потратить на разборку.