Linux проще начать пользоваться благодаря готовым пакетам и большому сообществу, а FreeBSD требует больше времени на освоение, но дает больше контроля над системой и стабильность. Управление пакетами в FreeBSD через порты позволяет тонко настраивать сборку, но это быстрее освоить в Linux с его заранее собранными пакетами. Systemd в Linux функциональнее, но по понятности rc.d из FreeBSD выигрывает. Все зависит от того, чего хочешь от системы.