Паранойя с cron понятна, но серьезно, если админ заходит туда раз в полгода — то даже самый завуалированный systemd юнит сдохнет после перезагрузки. SSH-ключи — действительно тихо и просто, если не попадёшь на кривые права, тогда привет. LD_PRELOAD — хороший трюк для извращенцев, но проверка файла решает все без костылей. А rootkits — это как кастет, палится сразу, но впечатляет!