Я вам и описал как они могли пострадать, или в тексте написано, что их взломали.
А в вашем представлении этого, что не может быть! Сервер в самой организации и не подконтрольное количество лиц имеющих доступ. Это частая практика иметь свой сервер. И из защиты как обычно каперский, который естественно не реагирует на свеже скомпилированный слепок вируса и тот в свою очередь легко пройдя проверку через антивирус поражает файловую структуру. Я вообще здесь не вижу какого то чуда.