Я написал две программы - клиент и сервер. Как мне теперь собрать грамотно deb-пакет (с исходниками)? Нужно чтобы сервер после установки запустился и вел запись в лог. Столько всего перечитал, ничего не получилось.

Поробуй это http://www.debian.org/doc/maint-guide/index.ru.html#contents

Немного настойчивости и свободного времени.
Полезно разобрать какой-нибудь небольшой пакет, например Adobe Flash Player.

Спасибо, но тут ничего не говорится о том, как сделать чтобы сервер после установки запустился и вел запись в лог.