Тоже недавно начал копаться в Linux, и реально, на первых порах многое казалось сложным, особенно с правами доступа и пакетами. Но с практикой смотрю, что понемногу всё становится понятнее. Главное, как тут уже писали, просто не бояться экспериментировать и читать man-страницы — там часто все нужные подсказки есть. Пока что мне Ubuntu нравится — много готовых решений и сообщество большое.